Let op: Alle wachtwoorden die in FileZilla in de favorieten worden opslagen, worden als leesbare tekst opgeslagen. Er zijn virussen en malware in omloop die deze wachtwoorden stelen en vervolgens gebruiken om een website via FTP te infecteren.

De bestanden waarin door FileZilla de wachtwoorden worden opgeslagen zijn  sitemanager.xml, filezilla.xml en recentservers.xml in de applicatie locatie van FileZilla (Start / Uitvoeren / %APPDATA%/FileZilla).

Het is dus aanbevolen om geen wachtwoorden op te slaan in FileZilla.